種子繁殖は一度に大量の苗が得られること、様々な個体変異が生じる可能性があることなどから試みられることが多い。サボテンは自家不和合性（同一個体の花粉が柱頭に受粉しても結実しない）の種類が多く、結実させるためには同種の別個体の花粉を授粉する必要がある。
果実や種子の大きさや形は種類によってかなり異なる。果実は緑色から赤色に熟すものが多く、種子は通常黒色である。
採種するためには熟した果実をガーゼなどで包み、水中で押しつぶすようにして洗うとよい。ただし、ウチワサボテンのように果実に刺を有している場合には注意が必要である。ガーゼに残った種子は紙の上などで乾燥後播種するとよい。播種はポットに清潔な用土を満たし、充分灌水した後に行うとよい。
微細な種子は播種後に覆土（土をかぶせること）する必要はないが、発芽するまでは絶対に乾燥させないよう腰水（底面吸水）灌水を行う。播種後に鉢の表面を紙で覆い、さらにガラス板などで覆うとよい。
